Capitán Atom: Armageddon es la historia que ha hecho tambalear los cimientos del Universo WildStorm, y que sirve de prólogo a las etapas de Jim Lee en WildC.A.T.s y Grant Morrison en The Authority. Sólo las fuerzas combinadas de The Authority y los WildC.A.T.s pueden evitar que el Capitán Atom pierda el control sobre sus poderes y destruya el universo. La única cuestión es si llegarán a tiempo para lograrlo.